Kişisel sağlık verileri ile ülke düzeyinde sağlık durumu ve sağlık hizmetlerine ilişkin veri ve bilgi akışını içeren her türden bilgi sistemleri ve projelerini başarı ile yürüten Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü, ilk kez 2014 yılında aldığı ve her yıl TSE tarafından yapılan dış denetimler ile yenilenen ISO/IEC 27001 Bilgi Güvenliği Yönetim Sistemi (BGYS) Sertifikası ile tüm iş süreçlerinde bilgi güvenliği ile ilgili kriterleri uyguladığını uluslararası geçerli bir standart ile belgelendirmektedir.
Son olarak 19-21 Aralık 2017 tarihinde TSE tarafından gerçekleştirilen TS ISO/IEC 27001 Dış Denetimi de başarıyla tamamlanmış, Genel Müdürlüğümüz (2017 revizyonuna geçen) TS ISO/IEC 27001 belgesini üç yıl süre ile kullanmaya hak kazanmıştır.